Syarikat penerbangan ini ditubuhkan pada Tahun 1988 dan mula beroperasi pada Tarikh 6 Julai 2001. Syarikat Penerbangan Hainan Airlines memiliki kepentingan sebanyak 92.51% dalam Syarikat Penerbangan Shanxi Airlines, yang diperoleh dalam perjanjian yang diluluskan oleh pihak berkuasa negeri sebagai sebahagian daripada penyatuan syarikat penerbangan China. Hainan menggabungkan syarikat penerbangan tersebut menjadi Hainan Airlines pada Tahun 2009.